COVID-19: La máquina secuenciadora del Malbrán sigue parada y su uso es clave para detectar la variante Delta a gran escala
Jueves 26 de
Agosto 2021
El escenario pandémico a principio de año en Argentina mostraba que nuestro país había pasado una primera ola a mitad de 2020 y se preparaba ante una segunda, producto de las nuevas variantes del coronavirus más contagiosas que comenzaban a circular, como la Alfa surgida en Gran Bretaña o la Gamma, detectada en Manaos.
Además de los anuncios de la llegada de las primeras vacunas, nuestro país dio un salto de calidad al incorporar una máquina de avanzada que permitía la generación de secuencias del coronavirus y realizar estudios de epidemiología genómica, metagenómica e inteligencia artificial a gran escala.
El 22 de diciembre de 2020 se firmaron los contratos y tras el pago de casi un millón de dólares (992.600 USD), el flamante equipo llegó al país el 14 de enero. Argentina se convertía así en uno de los tres países en el mundo en tener este avanzado robot científico. El Ministerio de Salud anunció su incorporación al Instituto ANLIS – Malbrán con bombos y platillos su arribo.
¿Y por qué su importancia? La nueva Plataforma Genómica de última generación permite garantizar el diagnóstico, la secuenciación genómica, la vigilancia epidemiológica y la vigilancia zoonótica -ambas en tiempo real-, de varios patógenos circulantes, como el coronavirus y sus distintas variantes. También permite la confirmación y el estado de las reinfecciones, y el monitoreo de la adecuación de las fórmulas vacunales para SARS-CoV-2, entre otras múltiples prestaciones. La sensibilidad del diagnóstico de la máquina es del 99,7%, por lo que reduce al mínimo la posibilidad de falsos negativos.
Se trata del dispositivo de secuenciación Covid Seq, que pesa 600 kilos y tiene el aspecto de un cajero automático. Posibilita la generación de 360 GB de información de secuenciación en 12 horas. Esto genera, por ejemplo, 3 mil genomas de SARS-CoV-2 en 24 horas de operatividad, lo cual admite el estudio genómico a gran escala y en tiempo real.
Pero toda la ilusión de convertirse en un país líder en enfrentar la pandemia con esta nueva maravilla tecnológica, quedó frenada y arrumbada en un rincón oscuro, como lo hace hoy la misma máquina que permanece parada y sin funcionar en la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud “Dr. Carlos Malbrán”, o mejor conocido como Instituto ANLIS – Malbrán, un organismo público descentralizado dependiente del Ministerio de Salud de la Nación.
El aparato no pudo comenzar a realizar estudios genómicos a gran escala debido a la falta de los brazos robóticos que lo complementan. Necesita de estos dos equipos complementarios para “recoger” las muestras en gran volumen para ser analizadas. Su puesta en marcha permitiría, por ejemplo, analizar diariamente las muestras de los pasajeros que regresan al país y dan positivo en el test rápido de antígenos que se realiza en Ezeiza, y así poder identificar cepas de alta transmisibilidad como la Delta. Su detección temprana es clave para evitar que la circulación comunitaria masiva en el país y adoptar las estrategias sanitarias más eficaces para controlarla.
Al confirmar la presencia del virus y realizar estudios genómicos sobre 3.000 muestras a la vez, y detectar la variante a la que pertenece, en alrededor de 24 horas, la máquina podría haberse usado para evitar que miles de argentinos queden varados en el exterior por la limitación de ingreso de pasajeros por día que tuvimos y todavía existe. Desde enero hasta el 9 de agosto -último reporte epidemiológico oficial-, en el país se realizaron 443 muestras de viajeros y 3189 de no viajeros. Un trabajo que con la nueva máquina secuenciadora, se pudiese haber hecho en un día y medio.
Trabajo científico
Para que estos estudios puedan ser escalables, el equipo de secuenciación está asociado a una plataforma robótica que permite la obtención de material genético de distintas muestras clínicas y el procesamiento posterior en una etapa pre y post amplificación del material genético. Esta plataforma robótica puede ser programada para diversos usos, que permiten escalar también el diagnóstico molecular de la institución.
La importancia de tener un equipo de estas características en plena pandemia y con nuevas y amenazantes mutaciones, es que la secuenciación genómica que realiza es la única tecnología que permite la confirmación de reinfecciones. Hoy el Malbrán puede secuenciar y rastrear unas 35 muestras por día, en lugar de los más de 3000 que podría hacer con la nueva máquina que está sin uso.
Fuentes del Instituto Malbrán revelaron que al momento de adquirir el robot, no había disponibilidad para adquirir los brazos robóticos, que debían ser comprado aparte en Estados Unidos. Pero el encargo de los mismos, que debió hacerse mediante compra directa teniendo en cuenta el contexto de emergencia por pandemia, tal como se hizo con la compra del aparto principal, se realizó mediante licitación y recién ocurrió 120 días después de la llegada del aparato a la Argentina. Esa licitación falló porque “la única oferta presentada no se ajustaba al pliego”. El proveedor, Vemerpiker SRL, no logró reunir los requisitos, y la licitación fue declarada “fracasada”.
“El proveedor del equipo -por la norteamericana Illumina- es el único que en ese momento estaba aprobado por la FDA (sigla de la Food and Drug Administration, agencia norteamericana equivalente a la ANMAT). Brazos robóticos hay muchos, por eso las especificaciones se demoraron porque debían ser generales para que se puedan presentar otros oferentes, y que no sea una compra exclusiva”, explicaron fuentes del Malbrán en julio.
“Desde la planificación de la compra se supo que el equipo NovaSeq 6000 usa como complemento equipos tales como brazos robóticos. Ahora bien, teniendo en cuenta lo avanzado del ejercicio presupuestario -diciembre 2020- y los créditos disponibles en las partidas correspondientes, permitieron dar impulso a la compra en partes. En primer lugar, se planificó la compra de la plataforma, la cual resultó exitosa, y los brazos robóticos e insumos fueron previstos para el presupuesto aprobado para el ejercicio 2021”, explicaron esas mismas fuentes del Instituto consultadas por Infobae.
Esta mañana la ministra de Salud, Carla Vizzotti trató de explicar hoy en qué situación se encuentra la compleja máquina secuenciadora: “Estamos en contacto con la gente del Malbrán. La compra de esa máquina ha sido estratégica por dos motivos, es una máquina muy solicitada en el mundo, requiere entrenamiento, insumos, y se está trabajando en la última instancia. Se adjudicó, se están recibiendo todos los insumos para poder instalarla”, afirmó, sin precisar la fecha de llegada de los complementos robóticos que permitan su correcto y completo funcionamiento.
La realidad argentina se impuso a los mejores deseos de adelantarse a la llegada de las nuevas variantes más contagiosas del coronavirus. Y en lugar de estar un paso adelante, otra vez se corre por detrás. Un ejemplo simple de esto es lo que ocurrió en Gran Bretaña. Cuando nuestro país recibió el CovidSeq, en enero, el prestigioso Instituto Sanger de Gran Bretaña todavía no tenía ninguna máquina de este tipo instalada. Pero ocho meses después, ya tienen 7 funcionando y son líderes mundiales en secuenciación genética del SARS-CoV-2.
Equipo clave para vigilancia epidemiológica
“Necesitábamos un equipamiento que permitiese generar un gran número de secuencias en un tiempo corto porque si tardás mucho en obtener el reporte, la información pierde valor. Este nuevo equipo va a permitir trabajar en tiempo real. Ocurre la infección en el individuo, y nosotros podemos inmediatamente saber la secuenciación”, le dijo a Télam en febrero, Claudia Perandones, entonces directora científicotécnica del Malbrán, luego desplazada de ese cargo en medio de la segunda ola para ocuparse de una área de docencia y capacitación.
La importancia de saber casi en tiempo real cómo se mueven las variantes del coronavirus en un país es clave. Ya que un rápido actuar permite anticipar que se expanda masivamente y evitar la tan temida circulación comunitaria. Al no tener la máquina secuenciadora en funcionamiento, los tiempos de detección y actuación sanitaria se vuelven más lentos. Los primeros casos de Delta en Ciudad de Buenos Aires sin nexo epidemiológico ocurrieron el 4 de julio. Pero se supo recién el 30 de ese mes que pertenecía a la variante Delta. El otro positivo ocurrió el 20 de julio y la variante se identificó 10 días después.
El Gobierno promete que antes de fin de año CovidSeq estará en pleno funcionamiento. Pero ya se perdió la oportunidad de contener la circulación comunitaria de la más contagiosa variante Delta. También se perdió la oportunidad de hacer lo mismo a principio de año con la cepa de Manaos, que generó la segunda ola. La mega máquina secuenciador sigue sin funcionar y los expertos alertan sobre la llegada de tercera ola en las próximas semanas.
El 22 de diciembre de 2020 se firmaron los contratos y tras el pago de casi un millón de dólares (992.600 USD), el flamante equipo llegó al país el 14 de enero. Argentina se convertía así en uno de los tres países en el mundo en tener este avanzado robot científico. El Ministerio de Salud anunció su incorporación al Instituto ANLIS – Malbrán con bombos y platillos su arribo.
¿Y por qué su importancia? La nueva Plataforma Genómica de última generación permite garantizar el diagnóstico, la secuenciación genómica, la vigilancia epidemiológica y la vigilancia zoonótica -ambas en tiempo real-, de varios patógenos circulantes, como el coronavirus y sus distintas variantes. También permite la confirmación y el estado de las reinfecciones, y el monitoreo de la adecuación de las fórmulas vacunales para SARS-CoV-2, entre otras múltiples prestaciones. La sensibilidad del diagnóstico de la máquina es del 99,7%, por lo que reduce al mínimo la posibilidad de falsos negativos.
Se trata del dispositivo de secuenciación Covid Seq, que pesa 600 kilos y tiene el aspecto de un cajero automático. Posibilita la generación de 360 GB de información de secuenciación en 12 horas. Esto genera, por ejemplo, 3 mil genomas de SARS-CoV-2 en 24 horas de operatividad, lo cual admite el estudio genómico a gran escala y en tiempo real.
Pero toda la ilusión de convertirse en un país líder en enfrentar la pandemia con esta nueva maravilla tecnológica, quedó frenada y arrumbada en un rincón oscuro, como lo hace hoy la misma máquina que permanece parada y sin funcionar en la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud “Dr. Carlos Malbrán”, o mejor conocido como Instituto ANLIS – Malbrán, un organismo público descentralizado dependiente del Ministerio de Salud de la Nación.
El aparato no pudo comenzar a realizar estudios genómicos a gran escala debido a la falta de los brazos robóticos que lo complementan. Necesita de estos dos equipos complementarios para “recoger” las muestras en gran volumen para ser analizadas. Su puesta en marcha permitiría, por ejemplo, analizar diariamente las muestras de los pasajeros que regresan al país y dan positivo en el test rápido de antígenos que se realiza en Ezeiza, y así poder identificar cepas de alta transmisibilidad como la Delta. Su detección temprana es clave para evitar que la circulación comunitaria masiva en el país y adoptar las estrategias sanitarias más eficaces para controlarla.
Al confirmar la presencia del virus y realizar estudios genómicos sobre 3.000 muestras a la vez, y detectar la variante a la que pertenece, en alrededor de 24 horas, la máquina podría haberse usado para evitar que miles de argentinos queden varados en el exterior por la limitación de ingreso de pasajeros por día que tuvimos y todavía existe. Desde enero hasta el 9 de agosto -último reporte epidemiológico oficial-, en el país se realizaron 443 muestras de viajeros y 3189 de no viajeros. Un trabajo que con la nueva máquina secuenciadora, se pudiese haber hecho en un día y medio.
Trabajo científico
Para que estos estudios puedan ser escalables, el equipo de secuenciación está asociado a una plataforma robótica que permite la obtención de material genético de distintas muestras clínicas y el procesamiento posterior en una etapa pre y post amplificación del material genético. Esta plataforma robótica puede ser programada para diversos usos, que permiten escalar también el diagnóstico molecular de la institución.
La importancia de tener un equipo de estas características en plena pandemia y con nuevas y amenazantes mutaciones, es que la secuenciación genómica que realiza es la única tecnología que permite la confirmación de reinfecciones. Hoy el Malbrán puede secuenciar y rastrear unas 35 muestras por día, en lugar de los más de 3000 que podría hacer con la nueva máquina que está sin uso.
Fuentes del Instituto Malbrán revelaron que al momento de adquirir el robot, no había disponibilidad para adquirir los brazos robóticos, que debían ser comprado aparte en Estados Unidos. Pero el encargo de los mismos, que debió hacerse mediante compra directa teniendo en cuenta el contexto de emergencia por pandemia, tal como se hizo con la compra del aparto principal, se realizó mediante licitación y recién ocurrió 120 días después de la llegada del aparato a la Argentina. Esa licitación falló porque “la única oferta presentada no se ajustaba al pliego”. El proveedor, Vemerpiker SRL, no logró reunir los requisitos, y la licitación fue declarada “fracasada”.
“El proveedor del equipo -por la norteamericana Illumina- es el único que en ese momento estaba aprobado por la FDA (sigla de la Food and Drug Administration, agencia norteamericana equivalente a la ANMAT). Brazos robóticos hay muchos, por eso las especificaciones se demoraron porque debían ser generales para que se puedan presentar otros oferentes, y que no sea una compra exclusiva”, explicaron fuentes del Malbrán en julio.
“Desde la planificación de la compra se supo que el equipo NovaSeq 6000 usa como complemento equipos tales como brazos robóticos. Ahora bien, teniendo en cuenta lo avanzado del ejercicio presupuestario -diciembre 2020- y los créditos disponibles en las partidas correspondientes, permitieron dar impulso a la compra en partes. En primer lugar, se planificó la compra de la plataforma, la cual resultó exitosa, y los brazos robóticos e insumos fueron previstos para el presupuesto aprobado para el ejercicio 2021”, explicaron esas mismas fuentes del Instituto consultadas por Infobae.
Esta mañana la ministra de Salud, Carla Vizzotti trató de explicar hoy en qué situación se encuentra la compleja máquina secuenciadora: “Estamos en contacto con la gente del Malbrán. La compra de esa máquina ha sido estratégica por dos motivos, es una máquina muy solicitada en el mundo, requiere entrenamiento, insumos, y se está trabajando en la última instancia. Se adjudicó, se están recibiendo todos los insumos para poder instalarla”, afirmó, sin precisar la fecha de llegada de los complementos robóticos que permitan su correcto y completo funcionamiento.
La realidad argentina se impuso a los mejores deseos de adelantarse a la llegada de las nuevas variantes más contagiosas del coronavirus. Y en lugar de estar un paso adelante, otra vez se corre por detrás. Un ejemplo simple de esto es lo que ocurrió en Gran Bretaña. Cuando nuestro país recibió el CovidSeq, en enero, el prestigioso Instituto Sanger de Gran Bretaña todavía no tenía ninguna máquina de este tipo instalada. Pero ocho meses después, ya tienen 7 funcionando y son líderes mundiales en secuenciación genética del SARS-CoV-2.
Equipo clave para vigilancia epidemiológica
“Necesitábamos un equipamiento que permitiese generar un gran número de secuencias en un tiempo corto porque si tardás mucho en obtener el reporte, la información pierde valor. Este nuevo equipo va a permitir trabajar en tiempo real. Ocurre la infección en el individuo, y nosotros podemos inmediatamente saber la secuenciación”, le dijo a Télam en febrero, Claudia Perandones, entonces directora científicotécnica del Malbrán, luego desplazada de ese cargo en medio de la segunda ola para ocuparse de una área de docencia y capacitación.
La importancia de saber casi en tiempo real cómo se mueven las variantes del coronavirus en un país es clave. Ya que un rápido actuar permite anticipar que se expanda masivamente y evitar la tan temida circulación comunitaria. Al no tener la máquina secuenciadora en funcionamiento, los tiempos de detección y actuación sanitaria se vuelven más lentos. Los primeros casos de Delta en Ciudad de Buenos Aires sin nexo epidemiológico ocurrieron el 4 de julio. Pero se supo recién el 30 de ese mes que pertenecía a la variante Delta. El otro positivo ocurrió el 20 de julio y la variante se identificó 10 días después.
El Gobierno promete que antes de fin de año CovidSeq estará en pleno funcionamiento. Pero ya se perdió la oportunidad de contener la circulación comunitaria de la más contagiosa variante Delta. También se perdió la oportunidad de hacer lo mismo a principio de año con la cepa de Manaos, que generó la segunda ola. La mega máquina secuenciador sigue sin funcionar y los expertos alertan sobre la llegada de tercera ola en las próximas semanas.
Con información de
Infobae
